Penerbangan ke Jepang dari Indonesia bisa menggunakan menggunakan akses dari bandara Juanda Surabaya, Sukarno Hatta Cengkareng, dan Bandara Hang Nadim di Batam. Salah satu gerbang utama untuk mencapai negeri Jepang melalui Bandar Udara Internasional Narita atau lebih dikenal dengan Bandara Tokyo Narita. Bandara ini terletak di Narita, sekitar 60 km dari Tokyo. Bandara ini memfasilitasi sebagian besar penerbangan internasional dari dan ke Jepang ini merupakan salah satu bandara tersibuk di Asia dan dunia.

Terdapat tiga buah terminal di dalam Bandar Udara Tokyo Narita. Terminal 1 Sayap Utara melayani maskapai penerbangan yang tergabung dalam SkyTeam, misalnya Delta Air Lines, Air France, KLM, dan Korean Air. Sedangkan Sayap Selatan dari Terminal 1 untuk maskapai yang tergabung dalam Star Alliance. Maskapai penerbangan yang bersatu di bawah naungan Oneworld menggunakan Terminal 2, yaitu Japan Airlines dan British Airways. Di samping itu terdapat beberapa maskapai penerbangn lain di luar aliansi ini yang menggunakan terminal ini. Lalu Terminal 3 yang baru buka pada tahun 2015 tersedia untuk maskapai penerbangan bertarif rendah, seperti Jetstar Japan dan Vanilla Air.

Bandar Udara Internasional Tokyo Narita merupakan sebuah bandara modern dan lengkap. Penumpang bisa menikmati beragam fasilitas selama berada di dalam bandara ini. Di sini terdapat hotel, ATM, tempat penukaran uang, barber shop, salon kecantikan, klinik dokter gigi, taman bermain anak, beragam toko dan restoran, dan masih banyak lagi. Selain itu, para penumpang dapat menghabiskan waktu yang berkualitas dengan berkunjung ke The Museum of Aeronautical Sciences yang terletak di bagian selatan.

Syarat yang diperlukan bagi WNI untuk pergi ke Jepang adalah elektronik paspor  (e-passport) untuk memasuki Jepang tanpa visa. Namun belum banyak wisatawan yang tahu, bagaimana tata cara masuk Negeri Sakura itu menggunakan e-passport. Melalui e-passport, wisatawan tidak lagi menggunakan visa, namun kunjungan hanya dibatasi 15 hari saja. Selebihnya, harus menggunakan visa. Jika WNI tidak dikabulkan mendapatkan bebas Visa, maka harus mendapatkan visa dengan jalur biasa.

Dari laman Kedutaan Besar Jepang di Indonesia, tertera tata cara dan prosedur untuk mendapatkan bebas visa. Wisatawan yang berhak mendapatkan bebas visa hanya pemilik e-passport dengan logo chip di bagian sampul depan sesuai standar ICAO (International Civil Aviation Organization). Wisatawan harus melakukan registrasi e-passport di Kantor Perwakilan Negara Jepang (Kedutaan Besar Jepang/ Konsulat Jenderal Jepang/ Kantor Konsulat Jepang) di Indonesia sebelum keberangkatan.